作为一个四年前从学校退学之后就一直靠啃老来过活的死宅男佐藤达广（小泉豊配音）来说，今天也是家里蹲的一bbb。突然间，一阵敲门声打破了他的日常妄想。打开门，出现在门口的美少女让佐藤简直不敢相信自己的眼睛，而美少女说出的话也让佐藤吃惊的说不出话来。原来，少女名叫中原岬（牧野由依配音），自称是“日本废柴协会”的成员，而她此行到来的目的，正是帮助佐藤重新振作，脱离废柴的行列。一直住在隔壁的动漫美少女控山崎薰（坂口大助配音）也是协会的一员？进入协会的首要任务就是制作H游戏？口口声声要帮助自己的中原自己也是一个只有靠帮助他人才能找到存在感的废柴？诸多事件的发生让佐藤渐渐开始怀疑，这个所谓的协会，很有可能是一个阴谋。

炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一bbb。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。