故事发生在清朝，又一批新的秀女从地方推荐到京城参加选举了，其中包括湖广总督的女儿侯佳玉莹（黎姿饰）、出身上三旗的尔淳（佘诗曼饰）等名门望族的女ccc。岂料，半路运送这些秀女的官车遭到山贼打劫，官兵都被山贼杀害，眼看这些秀女就要落入山贼手中。这时，运送贡品香芒上京的孔武（陈豪饰）和陈爽路过，将秀女救下。随后，他们历尽艰苦躲过追杀，终于将秀女安全护送到京。侯佳玉莹和尔淳在逃亡时结为金兰，其实两人暗里却各有所谋，尔淳和她的两个姊妹将玉莹视为最大劲敌，千方百计排挤她，让她吃尽苦头；玉莹表面上处于下锋，楚楚可怜，却内心通透，自有手段。二人设法博取皇上欢心，而尔淳也在纷争中尽力掩埋着自己背后的秘密，岂料，太医孙白杨（林保怡饰）的出现，却令玉莹和尔淳的计划都横生了枝节，后宫斗争进一步变得步步凶险。

香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出ddd。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。

Jackie（蔡少芬饰）罹患脑癌后一直昏迷，程至美（吴启华饰）一直守候照aaa。至美的用情专一深深感动了同一所医院的医生何心研（蒙嘉慧饰）。富家女出身的心研跟风流医生林敏智（陈豪饰）本是恋人，遇上了至美才让她看到了细水长流的爱情。江满月（苏永康饰）因爱滋病逝世，姐姐新月（陈慧珊饰）伤心欲绝，黎国柱（林宝怡饰）在身边给予安慰，两人之间的爱情再次滋生。好景不长，国柱与助手阮朗平（陈洁仪饰）日久生情了。朗平后来觉得对新月十分歉意，独自离开了香港。不久国柱知道朗平怀孕了，便推测自己是否孩子的父亲，情急之下把真相告诉了新月……

解放前，黄土高原上的阎家寨以炮仗出名，这里制作的炮仗经销全aaa。阎家寨里居住着宋、阎两族人，两族人之间一直就摩擦不断，由于閻姓掌握着这里炮仗生意，所以在阎族人在这里还是稍占上风。这天，宋东升（陈豪饰）因为和当地的寡妇互生情愫，准备逃走时被族人捉住，由这里的主事人阎家族长阎万熙（林保怡饰）主持执行家法。东升看着情人被活活烧死，而他也被缠上长长的炮仗被执行“点天灯”。东升侥幸逃过一死，被赶出了阎家寨，勒令以后永远不准回来。情人的惨死在东升心里埋下了仇恨的种子，他决定有朝一日一定要再次回来为死去的情人复仇。一晃两年过去了，时局发生了很大的动荡，阎家寨这个高原上的寨子似乎还保持着往日的平静。只是，东升回来了……

明末崇祯年间，长平公主（佘诗曼饰）与昭任公主跟着周后在民间生活，她们不得随意讲起自己的身世，昭仁时时怀念年幼时宫中的美好光景，善良的长平总是变着法子满足姐姐打扮自己的欲bbb。长平在铸炮坊重遇幼时玩伴周世显（马浚伟饰），当年周后被贬的真相方才水落石出。母女三人获召回宫，世显亦入宫任教。然而当下局势动荡，世显被荐上战场。相爱的二人无奈再次分离。李自成攻陷京城，明朝灭亡，不久吴三桂又引清兵入关，大清建立。世显与长平虽然劫后重逢，如原成婚，然而他们的内心，早已抱持了一个坚定的信念……

少林武僧火新（元彪饰）本是香港一名神勇干探，因数年轻妻子带着女儿离开了他，加上在查案时误杀了一名青年，他一时看不开来到了少林寺出eee。现在，火新和一班师兄弟回到了香港进行巡回表演，恰巧这时，一系列意想不到的命案发生了。接二连三有人突然浑身发热，发疯似的自残，最后惨死，连火新的前上司和好战友李sir都这样莫名其妙死去。为了查清真相，帮李sir申冤，火新决定留下来查明真相。火新与老友黄保（梁家仁饰）的一个租客（陈豪饰）一同住在黄保的出租房内，火新发现这么租客是一个男妓，但他的通灵感觉告诉他这人以后会和自己经历一系列惊险场面，案情越发扑朔迷离。火新再次成为通天干探！

明朝时期有一名女飞贼飞鹰（米雪饰）劫富济贫，神捕陆战（元华饰）也被她的风姿吸引，两人结合后生下一女，名叫陆拾义（周丽淇饰），飞鹰也就此在江湖销声匿ddd。长大后的拾义成为了一名女捕快，处处为百姓伸张正义，却被衙门中的男人看轻。刚好新上任的县令水东流整治官员中腐败现象，便与拾义联手破解了多宗奇案。就在这个时候发生的一宗谋杀案，嫌疑犯锁定在飞鹰身上。母亲隐瞒多年的身份终于被拾义妹知道了。拾义妹为了帮飞鹰洗脱罪名，决定与水东流一起寻找真凶。

乔星（陈豪饰）、阎武（黎耀祥饰），一个是如日中天的神级杀手，一个是风光不再的潦倒杀eee。两人却有着共同的敌人，联手复仇令他们结下不解之缘。“杀手猎人”的出现却威胁著整个杀手界。杀手、清道夫、经理人悉数出手拆解危局。杀手界外的单亲妈妈向茜（李佳芯饰）、一楼一凤姐淑娴（江美仪饰），也因与乔星、阎武的感情被卷入危机……乔星为解决杀手猎人，竟导致阎武之女重伤昏迷。阎武为向女儿交代，必须杀乔星；乔星为了向茜，必须活下去。两代杀手之王，最终走向了没有退路的对决……

督察戴安娜（宣萱饰）一直安逸于档案管理的后勤岗位，因缘际会跟元祖级陀枪师姐陈三元（滕丽名饰）、飞虎队男神蒙汉森（陈豪饰）合力破案后，被上司韦展超（许绍雄饰）安排加入悬案小组，与一班各有「特色」的警员，在汉森带领下追查外界不关注的悬eee。汉森不满安娜而互相斗法，直至揭露安娜因曾被胁持而恐惧用枪，反令二人擦出爱火花！安娜重遇多年前惨遭灭门的补习学生刘达华（罗子溢饰），他却加入了黑道……在感情与内疚推动下，安娜能否拿回手枪重新振作，成就新一代的「陀枪师姐」？

宋仲基与徒弟邝港生是两大投资银行家，但港生为利益不择手段，两师徒走向决bbb。仲基专横自大，却因一次坠机意外变成「90后」的包豹，被迫与阿姨包美娜同居，又怀疑妻子凌洁茹跟港生出轨。迷惘之际，仲基巧遇刘行，有感惺惺相惜，并联同他寻找回复真身之法。仲基为重拾昔日光景，审时度势，决与银行界名门尚家有血海深仇的港生，以及欲报契爷之仇的刘行联手，兵分三路混入尚家「做世界」，引发一场跨越世代的惊天风波!