故事发生在1999年，那个不详的世纪之eee。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！这个形迹可疑的男子的话能够相信吗？2012年的世界是怎样的景象？一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞，而内田究竟为何而回到过去，这原因也渐渐的浮出了水面。

联合地球历192年，来自外太空的神秘生物入侵地球，它们大肆破坏，屠杀人类，地球变成一片火海，人类文明危在旦aaa。某天，外宇宙开发基地发现并拯救了一名从空中坠落的男子，从该男子口中，他们得知外星入侵者名叫“拉达姆”，但关于外星人的动机和该男子的来历却一概不知。不久后，人们发现这个男人竟拥有和入侵者对抗的强大实力，而他变身成为的宇宙骑士却和“拉达姆”的凶残战士们何其相似！代号狄波威（D-Boy）的神秘男子，他究竟是什么人？救世主？抑或终结者？

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少eee。青的父亲兰顿·萨斯顿(RentonThurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井敏夫一同生活，现正在GenerationBlue（蓝色世代）中。女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（IntelligentFlyingObject）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。